Esta flauta de bambú debe su nombre al tamaño estándar. Shaku significa "pie" como unidad de medida y hachi, ocho, es decir que el instrumento tiene una longitud de 1 shaku punto 8 (54.5 cms). 

La flauta Shakuhachi que se utiliza en la actualidad se deriva del instrumento aparecido a comienzos del periodo Edo (1603-1868) en manos de los monjes itinerantes (Komuso -no confundir con komoso) de la secta Fuke del budismo Zen. Estos monjes dentro de su entrenamiento tenían tres prácticas principales: la meditación conocida como zazen, la interpretación de la flauta Shakuhachi y en algunas ocasiones la práctica de un arte marcial en el cual se utilizaba el pesado cuerpo de la flauta como arma de defensa; esto debido al peligro que representaba viajar por algunas zonas de Japón en la época.
En la interpretación de la flauta estos monjes buscaban básicamente dos cosas: la emisión de sonidos ásperos o "sucios", -ya que creían que a través de estos podrían purificar su espíritu-, y el control de la respiración.
Inicialmente concebida como un instrumento solista entre los monjes, hacia el siglo XVIII se empezó a utilizar en música de entretenimiento -un tipo de música de cámara- al lado de la cítara Koto y el laúd Shamisén.
En promedio el diámetro de la flauta es de 4 a 5 cms. Tiene 4 orificios al frente y uno en la parte anterior, los cuales producen los siguientes sonidos: re, fa, sol, la, do y re, aunque con técnicas complejas tanto de la digitación como de la presión del aire y cambio de posición (ángulo) del instrumento se pueden lograr escalas cromáticas, lo que lo ha convertido en un instrumento muy versátil para la música contemporánea. La embocadura ha variado con el paso de los siglos pero en la actualidad se asemeja un poco a la de las quenas.